Muchas gracias!!
Ha funcionado con practicamente todos, dejando los fps como "real".
Hay un par que se me resisten y no me respeta los fps. Al final lo he conseguido pasando el GIF a swf con Image ready, y luego el swf a mov con Flash (es un poco engorroso pero para cosas concretas o archivos que den la lata, funciona). Ahí lo dejo por si alguien tiene el mismo problema que yo.
