Hola, no hace mucho que estoy investigando el tema de la mezcla audiovisual, pero voy a intentar responderte con lo que se.
Por lo que contás, estarías necesitando dos programas distintos, o algún tipo de híbrido. Usar dos programas distintos dejaría en evidencia el cambio de uno a otro, e híbridos no conozco muchos. Lo que te sugiero es que lo trabajes todo en Arkaos, ya que si tus pretensiones en cuanto a la mezcla de vídeo no son excesivas, con Arkaos vas a poder poner un loop largo con toda la tira de fotos o asignarle a cada foto un banco e ir disparándolas y cuando quieras pasar a mezclar vídeo, cambias de Patch y empezas a tirar videos y mezclarlo. Bueno no es mucho pero es mi aporte hasta donde me da. Salute.